L'origine del nome "Vernotico" è legato al termine tardo latino vernoticus che significa invernale: secondo il dominio feudale "diritto alla vernotica" (jus vernoticae),
il signore feudale poteva pascolare col proprio bestiame l'erba vernotica (invernale) nei fondi dei suoi sudditi. E' stato anche proposto di riferire il termine vernoticus al canale "nfoca cucci" che attraversa il vecchio abitato da intendere quindi come 'rio vernotico', in quanto fa defluire le acque piovane del periodo invernale.
Le prime tracce documentali relative al toponimo, risalgono al 1195, quando San Pietro Vernotico compare per la prima volta in documenti ufficiali: è infatti tra i feudi che l'imperatrice Costanza d'Altavilla conferma al Vescovo di Lecce, fra le donazioni già fatte da precedenti conti normanni di lecce Accardo figlio di Goffredo III in particolare, si conferma la donazione di Accardo II della Chiesa del Beato Pietro "che viene detta di Vernotico, con il suo pertinente casale, con uomini, vassalli, terre colte ed incolte, alberi, boschi ed acque, come i già detti Goffredo Conte di Lecce e di Ostuni e Accardo precedente dominatore di Lecce, a noi fedeli, hanno concesso alla Chiesa di Lecce". Da tale documento si può evincere che San Pietro Vernotico esisteva già nel XII secolo, infatti il Casale di San Pietro dunque come piccolo villaggio medievale sviluppato intorno ad una chiesa omonima ancora esistente e che in quel secolo esso fu per la prima volta "infeudato" e cioè sottoposto al vescovo di Lecce che ne assunse il dominio feudale. Al periodo medievale risale la maestosa torre quadrata, mentre sulla chiave della volta principale della torre di San Pietro Vernotico si può ancora oggi notare una data: 1380. Sarà probabilmente la data di costruzione dell'edificio.
Si sa inoltre che la torre ha origini normanne e che anticamente era circondata da un fossato con un ponte levatoio. Infatti ancora oggi viene indicato un massiccio blocco di pietra calcarea, che sarebbe l'unica testimonianza rimasta sul quale poggiava il ponte. La costruzione e che sembra appartenente all'arma della nobile famiglia Castromediano. Tale elemento potrebbe far datare la costruzione della torre quadrata, agli anni 1535-1552 durante i quali si ebbe a Lecce l'Arcivescovado di Giovanni Castromediano.